Как только организм был выявлен тест-культурой, он должен быть идентифицирован. Для определения тактики лечения (например, медикаментозного лечения, мер по изоляции) важна идентификация. Методы выявления ненуклеиновых кислот используют фенотипичные (функциональные или морфологические) особенности микроорганизмов, а не генетическую идентификацию.
Особенности роста возбудителя на питательных средах – размер колонии, цвет и форма, дают информацию для идентификации разновидностей, а вместе с окрашиванием по Граму и алгоритм для дальнейших анализов.
Доступны многочисленные биохимические тесты; каждый характерен для микроорганизмов определенного типа (например, аэробные или анаэробные бактерии). Некоторые оценивают способность организма использовать различные субстраты для роста. Другие оценивают наличие или активность ключевых ферментов (например, коагулаза, каталаза). Тесты выполняются последовательно, по предыдущим результатам определяется, какой тест будет проводиться следующим. Последовательности тестов очень разнообразны и могут несколько отличаться в разных лабораториях.
Методы выявления ненуклеиновых кислот могут быть основаны на следующих процедурах
Ручные процедуры
Автоматизированные процедуры
Хроматографические методы
Масс-спектроскопия
Некоторые коммерчески доступные наборы содержат блок отдельных тестов, которые могут быть проведены при одновременном использовании одного инокулята микроорганизма и, как правило, полезны для диагностики широкого круга микроорганизмов. Такие системы анализа могут быть очень точными, но могут потребовать определенного времени, вплоть до нескольких дней.
Хроматографические методы
Микробные компоненты или продукты отделяются и идентифицируются при использовании высокоэффективной жидкостной хроматографии (ВЭЖХ) или газовой хроматографии. Обычно выявление идет путем сравнения жирных кислот организма с базой данных.
Хроматографические методы могут использоваться, чтобы идентифицировать аэробные и анаэробные бактерии, микобактерии и грибы. Точность этих методов зависит от условий культивирования образца и качества базы данных, которая может быть неточной или неполной.
Масс-спектроскопия
Масс-спектрометрия может обнаружить в образце разнообразные белки с различными массами. Конкретные возбудители имеют уникальные белки, а информацию об относительной массе и концентрации каждого белка иногда можно использовать для идентификации микроорганизма. Масс-спектроскопия является одной из ряда инновационных технологий, которые разрабатываются или уже разработаны для обнаружения и идентификации биологического оружия и биотеррористических агентов. Тем не менее, этот метод ограничен, потому что, в отличие от некоторых методов, основанных на идентификации нуклеиновых кислот, его нелегко применять в полевых условиях.
В настоящее время разновидность масс-спектрометрии, называемая матрично-активированная лазерная десорбция/ионизация (MALDI-TOF), используется для идентификации бактерий (в том числе микобактерий), дрожжей, плесени и потенциально вирусов. Преимущество этого способа состоит в том, что для идентификации микроорганизмов требуется < 1 часа; при использовании традиционных методов может потребоваться от 24 до 48 часов.
