O líquido cefalorraquidiano flui por um canal entre as camadas médias e internas de tecidos (meninges) que revestem o cérebro e a medula espinhal. Para coletar uma amostra desse líquido, o médico insere uma agulha pequena e oca entre dois ossos (vértebras) na parte inferior da coluna vertebral, abaixo do ponto em que a medula espinhal termina. Em geral, o indivíduo deita-se de lado, com os joelhos dobrados tocando o peito. Essa posição amplia o espaço entre as vértebras, e com isso o médico consegue evitar tocar nos ossos ao inserir a agulha.

Os médicos coletam o líquido cefalorraquidiano em tubos de teste e o enviam a um laboratório para testes.