O corpo contém, normalmente, várias centenas de espécies diferentes de bactéria, mas muitos trilhões de bactérias individuais.

A maioria dessas bactérias reside nos seguintes locais:

• Na pele e nos dentes

• Nos espaços entre os dentes e as gengivas

• Nas membranas mucosas que revestem o nariz e as passagens nasais, a garganta, o intestino e a vagina

As espécies diferem em cada local, refletindo o ambiente diferente em cada local.

Muitas são anaeróbias, ou seja, elas não requerem oxigênio para viver e crescer.

Geralmente, esses anaeróbios não causam doença. Muitas têm funções úteis, como ajudar a decompor alimentos no intestino.

Porém, as bactérias anaeróbias podem causar doença se as membranas mucosas sofrerem uma lesão. Então, as bactérias podem entrar em tecidos que estão geralmente fora dos limites delas e que não têm defesas contra elas. As bactérias podem infectar estruturas próximas (tais como seios paranasais, ouvido médio, pulmões, cérebro, abdome, pelve e pele) ou entrar na corrente sanguínea e se espalharem.