As infecções do trato urinário podem ser divididas em infecções do trato urinário superior, que abrangem os rins (pielonefrite), e infecções do trato urinário inferior, que afetam a bexiga (cistite), uretra (uretrite) e próstata (prostatite). Entretanto, na prática e particularmente em crianças, a diferenciação entre os locais pode ser difícil ou impossível. Além disso, geralmente a infecção se dissemina de uma área para outra. Embora uretrite e prostatite sejam uma ITU, o termo uma ITU geralmente se refere à pielonefrite e cistite.
Infecções bacterianas do trato urinário são responsáveis pela maior causa dos casos de cistite e pielonefrite. Os patógenos não bacterianos mais comuns incluem fungos (geralmente espécies de Candida), e, menos comumente, micobactérias, vírus e parasitas. Patógenos não bacterianos normalmente afetam pacientes imunodeprimidos; têm diabetes, obstrução ou anormalidades estruturais do trato urinário; ou tiveram cirurgia recente do trato urinário.
Além de adenovírus (implicados na cistite hemorrágica), os vírus não têm nenhuma contribuição importante para uma ITU em pacientes imunocompetentes.
As doenças parasitárias predominantes são filariose, tricomoníase, leishmaniose, malária e esquistossomose. Das doenças parasitárias, apenas a tricomoníase é comum nos Estados Unidos, normalmente como uma infecção sexualmente transmissível.
Uretrite geralmente é causada por uma infecção sexualmente transmissível. Prostatite é geralmente causada por uma bactéria e, às vezes, por infecção sexualmente transmissível.
