A digestão é o processo pelo qual o sistema gastrointestinal obtém nutrientes importantes para o organismo e altera quimicamente os alimentos não utilizados, transformando-os em resíduos.

A mastigação, ou seja, o ato de mastigar alimentos na boca, é o primeiro passo da digestão. A saliva dá início à digestão e transforma os alimentos mastigados em uma massa mole, ou bolo. A saliva faz com que o bolo fique escorregadio, o que o torna mais fácil de engolir e deslizar, e desça pela parte posterior da garganta e o esôfago. O bolo atravessa o esfíncter esofágico antes de entrar no estômago. Ácido clorídrico é liberado dentro do estômago, decompondo moléculas grandes de alimentos, transformando-as em moléculas menores e liquefazendo o bolo. O bolo liquefeito, que agora se chama quimo, passa então através do esfíncter pilórico e entra no duodeno, a primeira parte do intestino delgado. É aqui que as enzimas liberadas pelo pâncreas, fígado e a vesícula biliar decompõem ainda mais o quimo, transformando-o em elementos que podem ser facilmente absorvidos e utilizados pelo organismo.

O intestino delgado é revestido por uma mucosa interna bastante pregueada e por pequenas projeções semelhantes a dedos, denominadas vilosidades. As vilosidades permitem que os alimentos digeridos entrem na corrente sanguínea. É aqui, no intestino delgado, onde todos os nutrientes e vitaminas são absorvidos.

O quimo pode percorrer até seis metros de intestino delgado antes de atravessar a válvula ileocecal e entrar no intestino grosso. Quase nada de digestão ocorre no intestino grosso. O quimo não digerido que entra no intestino grosso é considerado resíduo. O resíduo endurece cada vez mais conforme ele percorre o intestino grosso porque a água do resíduo é reabsorvida de forma contínua. O resíduo se acumula no reto, ou final do intestino grosso, até que o cérebro envie um sinal comandando a sua eliminação do organismo.