A fibrose cística afeta os pulmões e diversos outros órgãos.

Nos pulmões, secreções bronquiais espessas bloqueiam as pequenas vias aéreas, que ficam infectadas e inflamadas. À medida que a doença progride, as paredes bronquiais ficam mais espessas, as vias aéreas se enchem de secreções infectadas, áreas do pulmão se contraem e os gânglios linfáticos aumentam.

No fígado, secreções espessas bloqueiam os dutos biliares. Cálculos podem surgir na vesícula biliar.

No pâncreas, as secreções espessas podem bloquear completamente a glândula de forma que as enzimas digestivas não conseguem chegar ao intestino. O pâncreas pode produzir menos insulina, de forma que algumas pessoas desenvolvem diabetes (geralmente na adolescência ou na idade adulta).

No intestino delgado, o íleo meconial (um tipo de bloqueio intestinal) pode resultar de secreções espessas e pode ser necessária uma cirurgia em recém-nascidos.

Os órgãos reprodutores são afetados pela fibrose cística de várias maneiras, geralmente resultando em infertilidade para o sexo masculino.

As glândulas sudoríparas na pele secretam líquidos contendo mais sal do que o normal.