Uma pessoa sadia vive em harmonia com a flora microbiana que ajuda a proteger seu hospedeiro da invasão por patógenos, geralmente definidos como microrganismos capazes de causar doença. A flora microbiana é composta, principalmente, de bactérias e fungos, incluindo a flora residente normal, que se encontra consistentemente presente e que se restabelece com prontidão quando alterada, e a flora transitória, que pode colonizar o hospedeiro por horas a semanas, mas não se estabelece permanentemente. Organismos que pertencem à flora normal podem causar doença ocasionalmente, em especial quando as defesas estão alteradas.
Os exames laboratoriais podem identificar diretamente os microrganismos (p. ex., visualmente, com microscópio, por meio do crescimento do microrganismo em cultura) ou indiretamente (p. ex., identificando anticorpos contra o microrganismo). Tipos gerais de exames incluem
Arbovírus (vírus transmitidos por artrópodes) aplica-se ao vírus que é transmitido para seres humanos e/ou outros vertebrados por certas espécies de artrópodes que se alimentam de sangue, principalmente insetos (moscas e mosquitos) e aracnídeos (carrapatos). Arbovírus não é parte do sistema de classificação atual de vírus, que baseia-se na natureza e estrutura do genomo viral.
As bactérias são microrganismos que têm DNA de cadeia dupla circular e (exceto micoplasmas) paredes celulares. A maioria das bactérias vive extracelularmente. Algumas bactérias (p. ex., Salmonella typhi, Neisseria gonorrhoeae, Legionella, Mycobacteria, Rickettsia, Chlamydia e Chlamydophila spp) residem e multiplicam-se preferencialmente de modo intracelular. Algumas bactérias, tais como clamídias, Chlamydophila spp e riquétsias, são patógenos intracelulares obrigatórios (capazes de crescer, reproduzir-se e causar doença somente no interior das células do hospedeiro). Outros (p. ex., Salmonella typhi, Brucella spp, Francisella tularensis, N. gonorrhoeae, Neisseria meningitidis, Legionella e Listeria spp, Mycobacterium tuberculosis) são patógenos intracelulares facultativos.
O ciclo de vida de todos os cestódeos (vermes em fita) caracteriza-se por 3 etapas — ovos, larvas e fase adulta. Os adultos habitam os intestinos de hospedeiros definitivos, mamíferos carnívoros. Várias tênias adultas que infectam seres humanos recebem o nome dos seus hospedeiros intermediários:
Três espécies de Chlamydia causam doença humana, incluindo infecções sexualmente transmissíveis e infecções respiratórias. Todos são suscetíveis a macrolídios (p. ex., azitromicina), tetraciclinas (doxiciclina) e fluoroquinolonas.
Os enterovírus, juntamente com os rinovírus (ver Resfriado comum) e paraechovírus humanos, são um gênero de picornavírus (vírus pico ou pequeno, de RNA). Todos os enterovírus são antigenicamente heterogêneos e têm ampla distribuição geográfica.
Amebas de vida livre são protozoários que vivem de forma independente em terra ou água e não requerem um hospedeiro humano ou animal. Raramente causam doenças, diferentemente do parasita ameba Entamoeba histolytica, que é causa comum de infecção intestinal (amebíase). As amebas patogênicas de vida livre são dos gêneros Acanthamoeba, Balamuthia, Naegleria e Sappinia.
Bacilos Gram-negativos são responsáveis por numerosas doenças. Alguns são microrganismos comensais encontrados na flora intestinal normal. Esses microrganismos comensais e outros, provenientes de reservatórios animais ou ambientais, podem causar doenças.
Acinetobacter spp são organismos Gram-negativos que podem causar infecções supurativas em qualquer sistema de órgãos; essas bactérias são frequentemente oportunistas em pacientes hospitalizados.
Enterococos são organismos aeróbios, facultativos Gram-positivos. Enterococcus faecalis e E. faecium causam uma variedade de infecções, incluindo endocardite, infecção do trato urinário, prostatite, infecção intra-abdominal, celulite e infecção em feridas, além de bacteremia concomitante.
Antraz é causado pelo Bacillus anthracis Gram-positivo, que são organismos anaeróbios facultativos, encapsulados e produtores de toxinas. O antraz, uma doença quase sempre fatal nos animais, é transmitido aos seres humanos pelo contato com animais infectados ou seus produtos. Em pessoas, a infecção é tipicamente adquirida através da pele. A infecção pela inalação é menos comum; infecções orofaríngeas, meníngeas e gastrintestinais são raras. No caso de infecções das vias respiratórias e gastrointestinais, sintomas locais inespecíficos são seguidos, em vários dias, por doença sistêmica grave, choque e, muitas vezes, óbito. O tratamento empírico deve ser feito com ciprofloxacino, levofloxacino, moxifloxacino ou doxiciclina. Uma vacina está disponível.
Oito tipos de herpes-vírus infectam seres humanos (). Após a infecção inicial, todos os herpes-vírus permanecem latentes dentro das células específicas do hospedeiro e podem subsequentemente se reativar. As síndromes clínicas decorrentes de infecção primária podem variar significativamente daquelas causadas pela reativação desses vírus. Herpes-vírus não sobrevivem muito tempo fora de um hospedeiro; assim, a transmissão geralmente requer contato íntimo. Nas pessoas com infecção latente, o vírus pode se reativar sem provocar sintomas; nesses casos, ocorre a disseminação assintomática e as pessoas podem transmitir a infecção.
A infecção pelo vírus da imunodeficiência humana (HIV) resulta de 1 dos 2 retrovírus similares (HIV-1 e HIV-2) que destroem linfócitos CD4+ e prejudicam a imunidade mediada por células, aumentando o risco de certas infecções e cânceres. A infecção inicial pode produzir doença febril inespecífica. O risco de manifestações subsequentes, relacionadas à imunodeficiência, é proporcional ao nível de depleção dos linfócitos CD4+. O HIV pode acometer diretamente o cérebro, as gônadas, os rins e o coração, causando comprometimento cognitivo, hipogonadismo, insuficiência renal e miocardiopatia. Manifestações variam de portador assintomático à síndrome da imunodeficiência adquirida (aids), definida por infecções oportunistas graves, alguns tipos de câncer ou contagem de linfócitos CD4+ 200 células/mcL. A infecção pelo HIV é diagnosticável por testes de anticorpo, ácido nucleico (HIV RNA) e antígeno (p24). A triagem da infecção deve ser oferecida, de rotina, para todos os adultos e adolescentes. O tratamento visa suprimir a replicação do HIV usando combinações de ≥ 2 fármacos que inibem as enzimas do HIV; o tratamento pode restaurar a função imunitária na maioria dos pacientes se a supressão da replicação for sustentada.
Tuberculose (TB) é infecção crônica e progressiva, frequentemente com um período de latência seguindo a infecção inicial. A tuberculose afeta mais comumente os pulmões. Os sintomas incluem tosse produtiva, febre, perda ponderal e mal-estar. O diagnóstico é na maioria das vezes por baciloscopia e cultura e, cada vez mais, por testes rápidos de diagnóstico molecular. O tratamento é feito com múltiplos agentes antimicrobianos, administrados por pelo menos 6 meses.
Angiostrongilíase é uma infecção com larvas de vermes do gênero Angiostrongylus. Dependendo da espécie infectante, pode haver sintomas abdominais (Angiostrongylus costaricensis) ou envolvimento neural com meningite eosinofílica (A. cantonensis). Suspeita-se do diagnóstico pela história e presença de eosinofilia no líquido cerebrospinal (LCS) e/ou sangue. Anti-helmínticos são ineficazes ou deletérios.
A varíola do macaco, uma doença rara, é causada pelo vírus da varíola símia, que está estruturalmente relacionado com o vírus da varíola e causa doença semelhante, mas geralmente mais leve.
Infecções virais geralmente afetam o trato respiratório superior ou inferior. Embora as infecções respiratórias possam ser classificadas pelo agente etiológico viral (p. ex., influenza), geralmente são classificadas clinicamente de acordo com a síndrome (p. ex., resfriado comum, bronquiolite, crupe, pneumonia). Embora patógenos específicos com frequência causem manifestações clínicas características [p. ex., o rinovírus tipicamente provoca resfriado comum, o vírus sincicial respiratório (VSR) costuma provocar bronquiolite], cada um pode causar muitas das síndromes respiratórias virais ().
Infecções por riquétsias (riquetsioses) e doenças relacionadas (anaplasmose, erliquiose, tifo rural, febre Q) são causadas por um grupo de cocobacilos Gram-negativos intracelulares obrigatórios. Todas, exceto Coxiella burnetii, têm um vetor artrópode. Os sintomas geralmente incluem febre de início súbito com cefaleia intensa, mal-estar, prostração e, na maioria dos casos, exantema característico. O diagnóstico é clínico, confirmado por imunofluorescência ou PCR (polymerase chain reaction [reação em cadeia da polimerase). O tratamento é feito com tetraciclina ou, exceto para anaplasmose e erliquiose, cloranfenicol.
As doenças sexualmente transmissíveis (DST), também denominadas infecções sexualmente transmissíveis (IST), podem ser causadas por alguns microrganismos que variam amplamente quanto ao tamanho, ciclo de vida, doenças sintomas causados e suscetibilidade aos tratamentos disponíveis.
Bejel, pinta e bouba (treponematoses endêmicas) são infecções crônicas, tropicais e não venéreas causadas por espiroquetas que se disseminam pelo corpo por contato. Os sintomas de bejel são lesões mucosas e mucocutâneas, seguidas de gomas nos ossos e na pele. Bouba causa periostites e lesões dérmicas. As lesões de pinta são limitadas à derme. O diagnóstico é clínico e epidemiológico. O tratamento é feito com penicilina.
Trematódeos são parasitas achatados que infectam os vasos sanguíneos, o trato gastrintestinal, os pulmões, ou o fígado. São frequentemente classificados de acordo com o principal sistema de órgãos que invadem: