Infecções cutâneas complicadas, infecções na corrente sanguínea e certas infecções da válvula cardíaca (endocardite) devido a bactérias suscetíveis, incluindo Staphylococcus aureus resistente à meticilina (SARM) e enterococos resistentes à vancomicina

Aumento do número de glóbulos brancos nos pulmões (pneumonia eosinofílica)

Distúrbio gastrointestinal

Fraqueza e dor muscular

Ela não é usada quando a infecção envolve os pulmões, pois a daptomicina é inativada por surfactante (uma substância normalmente produzida nos pulmões)