Na colangiopancreatografia retrógrada endoscópica (CPRE), introduz-se um contraste radiopaco por um endoscópio (um tubo óptico flexível), que entra pela boca e passa pelo estômago até o duodeno (o primeiro segmento do intestino delgado). Um contraste radiopaco é injetado no trato biliar, logo após o esfíncter de Oddi. Em seguida, o contraste volta pelo trato biliar e, frequentemente, evidencia os dutos pancreáticos.

Os instrumentos cirúrgicos também podem ser usados com o endoscópio, permitindo que um médico remova um cálculo no duto biliar ou insira um tubo (stent) para fazer um bypass no duto biliar obstruído por cicatrização ou câncer.