体内には正常時から数百種類の細菌が存在しますが、その総数は数兆に及びます。

それらの細菌の大半は以下の場所に生息しています。

• 皮膚や歯の表面

• 歯と歯ぐきの間

• 鼻や鼻腔、のど、腸、腟の内側を覆う粘膜

それぞれの環境を反映するように、存在する細菌の種類は部位毎に異なります。

ほとんどの細菌は嫌気性菌で、生育に酸素を必要としません。

通常、嫌気性細菌は病気を引き起こしません。腸の中で食べものの消化を助けるなど、有益な働きをする菌も数多くいます。

しかし、粘膜に損傷がある状況では、嫌気性細菌が病気を引き起こすことがあります。その場合、普段は細菌が存在しないため防御機構が備わっていない組織に細菌が侵入します。その細菌は近くの組織（副鼻腔、中耳、肺、脳、腹部、骨盤、皮膚など）に感染したり、血流に入って全身に広がったりします。