消化器系は口から肛門まで続く器官で、食物を摂取する、摂取した食物を栄養素に分解する（消化）、栄養素を血液中に吸収する、消化しにくい残りの部分を体から排泄するという働きをしています。消化管は以下の部分から構成されています。
また、消化器系には、消化管の外側に位置している以下の臓器も含まれます。
消化器系は胃腸系とも呼ばれますが、どちらの呼び名もこの系の機能や要素を完全には表せているとはいえません。消化器系の臓器には、消化とは無関係の凝固因子やホルモンを分泌したり、血液から有害物質を除去するのを助けたり、薬を化学的に変化（代謝）させる働きもあります。
消化器の大半が収まっている空間を、腹腔といいます。腹腔の境界は、前方は皮膚、脂肪、筋肉、結合組織の層で構成されている腹壁で、後方は脊柱で、上方は横隔膜で、下方は骨盤内臓器で構成されています。腹腔の表面は、腹膜と呼ばれる膜で覆われています。腹膜は消化器の外表面の大部分を覆っています。
専門家は消化器系と脳の強い結びつきを認識しています。例えば、心理的な要因は腸の収縮や消化酵素の分泌、その他の消化器系の機能に大きな影響を与えます。感染症は消化器系のさまざまな病気の原因となり、感染症へのかかりやすさすら、脳の影響を強く受けます。逆に、消化器系も脳に影響を与えます。例えば、過敏性腸症候群や潰瘍性大腸炎などの長期間にわたる病気や何度も繰り返す病気や、その他の痛みを伴う病気は、感情、行動、日常的な機能に影響します。この双方向の関係は、脳腸相関と呼ばれています。また、腸内微生物叢（消化管に生息するすべての細菌、ウイルス、原虫、真菌）も肥満、心疾患、結腸がん、可能性としては精神衛生などの健康に影響を及ぼす可能性があります。
加齢も消化器系の機能に影響を与えることがあります（消化器系への加齢の影響を参照）。
消化器系
