再発性髄膜炎は通常，細菌，ウイルス，または感染症以外の病態によって引き起こされる。
（髄膜炎の概要も参照のこと。）
再発性のウイルス性髄膜炎
再発性のウイルス性髄膜炎の原因として最もよくみられるのは以下のものである：
単純ヘルペスウイルス2型（HSV-2；Mollaret髄膜炎と呼ばれる）
HSV-2が原因である場合は，典型的には発熱，項部硬直，および髄液中リンパ球増多のエピソードが3回以上起こり，それぞれのエピソードは2～5日間続いてから自然軽快する。その他の神経脱落症状（例，意識変容，痙攣発作，脳神経麻痺）もみられることがあり，それらは髄膜脳炎を示唆する。
可能であれば原因を治療する。Mollaret髄膜炎は，アシクロビルの静注により治療する。ほとんどの患者は完治する。
再発性の急性細菌性髄膜炎
急性細菌性髄膜炎が先天性または後天性の頭蓋底または脊椎の欠損によって生じ，その欠損が是正されない場合，急性細菌性髄膜炎は再発しうる。原因が外傷である場合は，数年経って初めて髄膜炎が発生する場合がある。
再発性細菌性髄膜炎のある患者では，そのような欠損がないか徹底的に確認すべきである。高分解能CTでは通常頭蓋骨の欠損を同定できる。患者の下背部を調べ，くぼみまたは毛束がないか確認すべきであり，これらの存在は脊椎の欠損（例，二分脊椎）を示す可能性がある。
まれに，再発性細菌性髄膜炎（通常は肺炎球菌［Streptococcus pneumoniae］または髄膜炎菌［Neisseria meningitidis］による）が補体系の欠損に由来することがある。治療は補体欠損のない患者に対するものと同じである。肺炎球菌（S. pneumoniae）および髄膜炎菌（N. meningitidis）に対する予防接種（米国疾病予防管理センター［Centers for Disease Control and Prevention：CDC］の推奨に従い補体欠損症の患者に行われる）は，感染の可能性を低減する可能性がある。
その他の再発性髄膜炎
非ステロイド系抗炎症薬（NSAID）またはその他の薬剤に続発する急性髄膜炎は，原因薬剤が再度使用されると再発することがある。
脳嚢胞の破裂による髄膜炎も再発することがある。
