抗酸菌には多くの種が存在します。結核を引き起こす種は結核菌と呼ばれます。ここでは、病気を引き起こす他の抗酸菌種について説明します。これらの菌は非結核性抗酸菌と呼ばれます。通常は、環境中で汚染された水や土壌に接触すると、これらの細菌に曝露されます。しかしほとんどの場合、曝露で感染症は起こらず、感染も多くの場合は病気を引き起こすことはありません。
非結核性抗酸菌（NTM）感染症が発生するのは、通常は以下の集団に限定されます。
フレイル（加齢に伴い筋力や心身の活力が低下した状態）な高齢者
HIV感染症患者などの免疫機能が低下した人
長年にわたる喫煙や過去の結核感染、気管支炎、肺気腫、嚢胞性線維症（のうほうせいせんいしょう）などのために肺に損傷がある人
NTMは、一般的に感染者からではなく環境から感染します。
NTM感染症の主な症状には、せき、発熱、体重減少などがあります。
最も多い感染部位は肺ですが、肺感染症の大半はマイコバクテリウム・アビウムコンプレックス（MAC）と呼ばれる細菌群によって引き起こされ、これにはマイコバクテリウム・アビウムとマイコバクテリウム・イントラセルラーレが含まれます。MACに含まれない他の非結核性抗酸菌も人に感染症を引き起こすことがあります。
マイコバクテリウム・アビウムコンプレックス（MAC）感染症
肺MAC感染症
通常、肺のMAC感染症はゆっくりと進行します。最初の症状には、せきや粘液性のたんが出るなどがあります。疲労や体重の減少、微熱がみられる人もいます。
この感染症はゆっくり進行することもあれば、長期間安定して経過することもあります。進行すると、頻繁に血を吐いたり（喀血）、呼吸困難が生じたりすることがあります。
MAC感染症と結核を区別するには、感染者から採取したたんを検査室で分析する必要があります。胸部X線検査が行われます。結核とMAC感染症では、いくつかの所見に差がみられることがあります。
MAC感染症の治療では薬剤耐性がしばしば問題となるため、医師は感染者に対して抗菌薬を組み合わせて併用投与する傾向があります。クラリスロマイシンまたはアジスロマイシン、リファンピシン、エタンブトールという3種類の組み合わせは、中等度の感染症によく使用されます。通常は12～18カ月間継続して抗菌薬を服用します。この組み合せに効果がみられない場合は、他の組み合せを試します。感染症が悪化している場合は、他の4～6種類の薬を併用します。
リンパ節のMAC感染症
リンパ節のMAC感染症は、一般的に1～5歳の小児に起こります。その多くは土を食べたり、抗酸菌で汚染された水を飲んだりすることが原因で発生します。
この感染症を診断するには、感染したリンパ節を切除して検査を行います。
この感染症の治療では通常抗菌薬は不要です。その代わり、感染したリンパ節を手術で切除することがあります。
播種性（はしゅせい）MAC感染症
以下に当てはまる人では、MAC感染症が全身に広がる（播種性を持つ）ことがあります。
末期エイズ患者
ときに、他に免疫機能を低下させる病気がある人や免疫機能を低下させる薬を使用している人
症状としては、発熱、貧血、血液疾患、下痢、腹痛などがみられます。
播種性MAC感染症を診断するために、医師は通常、血液サンプルや、骨髄、肝臓、感染したリンパ節から採取した組織サンプルを用いて細菌を増殖させる検査（培養検査）を試みます。
これらの感染症は2～3種類の抗菌薬を組み合わせて投与します。大抵はクラリスロマイシンまたはアジスロマイシンとエタンブトール、ときにリファブチンも組み合わせます。
重症のエイズ患者でCD4陽性細胞数が血液1マイクロリットル当たり100個未満の人では、播種性MAC感染症を予防するためにクラリスロマイシンかアジスロマイシンを服用する必要があります。また、エイズを効果的に治療することが重要になります。そうした治療は、免疫系の機能を向上させ、感染に抵抗できるようにします。
その他の非結核性抗酸菌感染症
MACに含まれない非結核性抗酸菌も人に感染することがあります。
皮膚感染症
プール肉芽腫は、マイコバクテリウム・マリヌムによって引き起こされる皮膚感染症です。マイコバクテリウム・マリヌムやその他の一部の抗酸菌は、水泳プールや家庭の水槽の中で繁殖します。このような抗酸菌は、塩素処理されていない汚染されたプールで泳いだり、汚染された家庭の水槽を洗浄したり、汚染された魚や貝を扱う際に皮膚に擦り傷や切り傷を負うと、皮膚感染症を引き起こす可能性があります。
赤みを帯びた隆起が現れ、大きくなり、紫色に変色することがあります。通常、腕や膝に生じます。
これらの皮膚感染症は、免疫機能が正常な場合、治療をしなくても治ることがありますが、免疫機能が低下している場合は、感染が体の他の部位に広がることがあります。
慢性感染症に進行した場合は、通常ミノサイクリン、ドキシサイクリン、クラリスロマイシンや他の抗菌薬で3～6カ月間の治療を受ける必要があります。
ブルーリ潰瘍は、マイコバクテリウム・ウルセランスを原因とする皮膚感染症です。世界的には、この感染症（バーンズデール潰瘍またはデイントリー潰瘍としても知られる）は、免疫系が正常な人によくみられる抗酸菌感染症です。ほとんどの場合、この感染症は西アフリカと中央アフリカの熱帯地域で発生します。オーストラリアでは、ほとんどの症例がメルボルン市の温帯地域で発生しています。
この感染症は、最初に皮下のしこり、大きな腫れ、または脚、腕、顔面の広範囲に及ぶ腫れとして現れます。患部には痛みはありません。感染が進行すると、脚や腕に大きく開いた潰瘍ができ、皮膚やその下の組織が広範囲に破壊されます。
マイコバクテリウム・ウルセランス感染症の治療には、複数の抗菌薬が併用されます。
傷口や異物への感染
マイコバクテリウム・フォーチュイタムやマイコバクテリウム・アブセッサスなど、その他の種類の抗酸菌は、住宅、オフィス、医療施設の水道システム内で生存することができます。これらの抗酸菌は、一般的な除染方法（例えば、水に塩素を添加する）では根絶が困難です。
マイコバクテリウム・フォーチュイタムは、傷口や刺青部分、体内に埋入された人工物（人工心臓弁や乳房インプラントなど）に感染することがあります。
マイコバクテリウム・アブセッサスは、これまでに小児の歯科治療（根管の洗浄）に汚染された水が使用された事例で重度感染症の集団発生を引き起こしています。
通常は抗菌薬による治療、患部の外科的切除や異物の除去を施すことで治癒します。しかし、一部の抗酸菌は排除が困難か、または不可能であるため、経験豊富な専門医の病院を紹介されることもあります。
