侵入してくる微生物によって、それを攻撃し破壊する方法は異なります。

微生物によっては、好中球やマクロファージといった異物を捕食する細胞（食細胞）に直接認識、捕食、破壊されるものもあります。

しかし、食細胞は、特殊な外膜に包まれている特定の細菌を直接認識することができません。このような場合に食細胞が細菌を認識するには、B細胞の助けを必要とします。B細胞は、細菌の外膜に含まれる抗原に対する抗体をつくります。この抗体が細菌の外膜に結合すると、食細胞が細菌を認識できるようになります。

なかには完全には排除できない微生物もあります。こうした微生物に対する防御策として、免疫系はその微生物の周りに壁を構築します。この壁は、食細胞、特にマクロファージが互いにくっつき合って形成されます。このように微生物を囲む壁は肉芽腫と呼ばれます。ある種の細菌はこうして閉じこめられた形で体内に長期間生存します。そして免疫機能が低下していると（50～60年も後になることもあります）、肉芽腫の壁が崩れて細菌が増殖を始め、症状が現れてくることがあります。