内視鏡（観察用の柔軟な管状の機器）を用いて、消化管の様々な部位を観察します。内視鏡の管の中には、その全長に沿っていくつかの通路（チャンネル）が作られています。それらのチャンネルを利用して、検査対象の部分を照らすための光を送ったり、カメラ（管の先端に付いています）で撮影した映像を送ったり、ポンプで液体や空気を出し入れしたり、生検や手術に使用する器具を通したりします。口から挿入する内視鏡検査では、食道、胃、小腸の一部が観察できます。肛門から挿入する内視鏡検査では、直腸、肛門、結腸全体が観察できます。処置の種類に応じて使用する内視鏡の種類が異なり、管の長さや太さも様々です。