肺塞栓症を予防するには、通常は血液の凝固作用を抑える薬を使用します。しかし一部の人には、下大静脈の中にフィルター（傘の骨組みのような形状をしたフィルター）を一時的または永久的に留置する治療法が勧められます。一般的にこのフィルター装置は、血液の凝固を抑制する薬剤（抗凝固薬）が使用できない場合（例えば、出血がある患者など）に使用が推奨されます。このフィルターは、流れてきた栓子を心臓に入る前に捕らえますが、血液は自由に通過させることができます。フィルターに捕らえられた栓子は自然に溶解することもあります。