合併症を起こした皮膚感染症、血流感染症、特定の心臓弁の感染症（心内膜炎）で、メチシリン耐性黄色ブドウ球菌（Staphylococcus aureus）（MRSA）、バンコマイシン耐性腸球菌などの感受性がある細菌によるもの

肺での白血球数の増加（好酸球性肺炎）

胃腸障害

筋肉痛と脱力

ダプトマイシンはサーファクタント（正常な肺で生産される物質）によって不活化されるため、感染が肺で起きている場合には使用されない