腹腔穿刺は，検査用の腹水検体を採取するために行われる。また腹腔穿刺は，呼吸困難や疼痛を引き起こす緊満した腹水を排除するため，または慢性腹水の治療法としても施行することができる。
穿刺の絶対的禁忌としては以下のものがある：
重度かつ是正不能の血液凝固障害
腹壁の感染
相対的禁忌としては，非協力的な患者，穿刺部位の手術瘢痕，腹腔内の大きな腫瘤，腹部側副血行路を伴う重度の門脈圧亢進症などがある。
実施前に血算，血小板数，および凝固検査を行う。膀胱を空にした後，患者をベッドに座らせ，頭部を45～90°に挙上させる。明らかで顕著な腹水を認める患者では，刺入点は臍と恥骨の間の正中線上とし，消毒液およびアルコールで消毒する。穿刺可能な他の2カ所は，両側の上前腸骨棘からおよそ5cm上部で内側に位置する。中等度の腹水を認める患者では，腹部超音波による腹水の正確な位置の特定が必要である。穿刺部位を下にした側臥位をとらせることによっても，空気が満ちた腸管ループの上方への浮遊および移動が促進され，刺入部位から遠ざけることができる。
無菌操作により，刺入部位を1％リドカインで腹膜まで麻酔する。診断のための腹腔穿刺では，50mL注射器に18G針を装着し，腹膜を貫通させて挿入する（通常はプツンと抜ける感覚がある）。腹水を緩徐に吸引し，必要に応じて細胞数測定，タンパク質またはアミラーゼ含有量測定，細胞診，培養に提出する。治療のための（大量の腹水を吸引する）腹腔穿刺では，吸引装置に取り付けられた14Gのカニューレを用いて腹水を最大8Lまで採取する。大量の腹腔穿刺時には，有意な血管内容量の変化と術後の低血圧を予防するため，静注アルブミンの同時投与が推奨される。
穿刺の最も頻度の高い合併症は出血である。ときに，緊満した腹水では，長期にわたり腹水が穿刺部位から漏出する。
