炎症は，消化管粘膜における細胞性免疫応答により生じる。正確な病因は不明であるが，多因子性の遺伝的素因を有する患者において，腸内常在菌叢が異常な免疫反応を引き起こすことがエビデンスから示唆される（おそらく，異常な上皮性関門および粘膜の免疫防御が関与）。環境性，食事性，または感染性の特異的な原因は同定されていない。免疫反応には，サイトカイン，インターロイキン，腫瘍壊死因子（TNF）などの炎症メディエータの放出が関与している。
クローン病とUCは類似した疾患であるが，ほとんどの症例で鑑別可能である（ クローン病と潰瘍性大腸炎の鑑別）。大腸炎症例の約10％は当初，鑑別が困難で，分類不能型（unclassified）と呼ばれ，さらに外科的病理標本でも分類できない場合は，indeterminate colitisとされる。大腸炎という用語は，大腸の炎症性疾患に対してのみ適用される（例，潰瘍性，肉芽腫性，虚血性，放射線性，感染性）。痙攣性（粘液性）大腸炎という用語は，機能性疾患である過敏性腸症候群に対してときに用いられる誤った名称である。
クローン病と潰瘍性大腸炎の鑑別
疫学
炎症性腸疾患はあらゆる年齢の人に発生するが，通常は30歳未満で始まり，発生率のピークは14～24歳である。より小さな2回目のピークが50～70歳にあると考えられるが，この後半のピークには虚血性大腸炎の一部症例が含まれている可能性がある。
IBDは北欧人とアングロサクソン系の人々で最も多くみられ，同じ地域の非ユダヤ系白人と比較するとアシュケナージ系ユダヤ人で2～4倍多くみられる。発生率は中欧および南欧でより低く，南米，アジア，アフリカではさらに低い。しかしながら，北米に居住する黒人およびラテンアメリカ人では発生率が増加している。罹患率に男女差はみられない。IBD患者の第1度近親者は，リスクが4～20倍高く，絶対リスクは7％にも達する場合がある。家族性の傾向は，UCと比較してクローン病の方がはるかに高い。クローン病のリスクを増大させるいくつかの遺伝子変異（およびUCに関連する可能性のあるいくつかの遺伝子変異）が同定されている。
喫煙はクローン病の発生または増悪に寄与していると考えられるが，UCのリスクを低下させる。虫垂炎治療のための虫垂切除術もUCのリスクを低下させるようである。非ステロイド性抗炎症薬（NSAID）はIBDを増悪させる可能性がある。経口避妊薬はクローン病のリスクを増大させる可能性がある。周産期の疾患および小児期における抗菌薬の使用は，IBDのリスク増大と関連している可能性を示唆するデータもある。
理由は明らかでないが，社会経済的地位が高い人々はクローン病のリスクが高い可能性がある。
腸管外合併症
クローン病およびUCはいずれも腸管以外の器官も侵す。大半の腸管外合併症は，小腸限局性のクローン病と比較して，UCおよび大腸クローン病でより多くみられる。炎症性腸疾患の腸管外合併症は次の3つに分類される：
1．通常はIBDの急性増悪（flare-up）に平行して発生する（すなわち，憎悪と寛解が同期する）疾患：このような疾患としては，末梢関節炎，上強膜炎，アフタ性口内炎，結節性紅斑，壊疽性膿皮症などがある。関節炎は大関節に生じやすく，移動性かつ一過性となる傾向がある。IBDで入院する患者の3分の1以上で，これら平行して発生する合併症が少なくとも1つ発生する。
2．明らかにIBDと関連しているが，IBDの活動性とは独立しているように見える疾患：このような疾患としては，強直性脊椎炎，仙腸関節炎，ぶどう膜炎，原発性硬化性胆管炎などがある。強直性脊椎炎は，HLA-B27抗原を有するIBD患者でより多くみられる。脊椎または仙腸骨病変のある患者の大半では，ぶどう膜炎の所見がみられ，その逆も真である。原発性硬化性胆管炎は胆道癌の危険因子であり，UCまたは大腸クローン病と強い関連がみられる。胆管炎は腸疾患の発症前または腸疾患と同時に発生することがあり，さらに結腸切除から20年後に発生する場合もある。3～5％の患者で肝疾患（例，脂肪肝，自己免疫性肝炎，胆管周囲炎，肝硬変）が起こるが，肝機能検査値の軽度異常はより多くみられる。これらの病態の一部（例，原発性硬化性胆管炎）はIBDの発生に多年にわたって先行することがあるため，これらが診断された場合にはIBDの評価を行うべきである。
3．腸管機能の障害に起因する疾患：このような疾患は主に重症の小腸クローン病で発生する。吸収不良は回腸の広範切除によって生じることがあり，脂溶性ビタミン，ビタミンB12，またはミネラルの欠乏を引き起こし，貧血，低カルシウム血症，低マグネシウム血症，凝固障害，および骨の脱ミネラル化をもたらす。小児では，吸収不良は発育および発達を遅滞させる。その他の疾患としては，食事性シュウ酸の過剰吸収に起因する腎結石，腸管の炎症過程による尿管圧迫から生じる水尿管症および水腎症，胆汁酸塩の回腸での再吸収障害による胆石，長期の炎症性および化膿性疾患に続発するアミロイドーシスなどがある。
3つのいずれのカテゴリーでも複数の因子により血栓塞栓症が起こることがある。
