I farmaci sono selezionati sulla base delle caratteristiche del farmaco (p. es., efficacia, profilo di sicurezza, via di somministrazione, via d'eliminazione, frequenza di somministrazione, costo) e del paziente (p. es., età, sesso, altri problemi medici, probabilità di rimanere incinta, etnia ed altri fattori genetici). Anche altri farmaci assunti dal paziente possono influenzare la scelta dei farmaci da parte del medico. Vengono, inoltre, valutati i rischi e i benefici del farmaco; tutti i farmaci presentano alcuni rischi.
La risposta a un farmaco dipende parzialmente dalle caratteristiche e dal comportamento del paziente (p. es., consumo di cibi o integratori, aderenza al regime terapeutico, differenze metaboliche dovute all'età [vedi Farmacocinetica negli anziani], al sesso, alla razza, ai polimorfismi genici o all'insufficienza epatica o renale), dalla coesistenza di altre patologie e dall'utilizzo di altri farmaci.
Anche gli errori di prescrizione (p. es., prescrizione di un farmaco inappropriato, cattiva interpretazione della prescrizione, somministrazione di un farmaco in maniera scorretta) possono influenzare le risposte.
