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COVID-19 : Ce que nous savons sur les coronavirus

Page d'accueil des ressources concernant le COVID-19 
Par Matthew E. Levison, docteur en médecine, professeur adjoint en médecine, Faculté de médecine de l’Université Drexel (Drexel University College of Medicine)

26/02/2020

Matthew Levison, docteur en médecine

Les coronavirus sont des virus enveloppés à ARN, caractérisés par la présence de protubérances protéiques à leur surface qui rappellent la couronne solaire lorsqu’on les observe au microscope électronique. De nombreux coronavirus, d’abord découverts chez la volaille domestique dans les années 1930, provoquent des maladies respiratoires, gastro-intestinales, hépatiques et neurologiques chez l’animal.

Infection au coronavirus humain (HCoV)

Seuls 7 coronavirus sont pathogènes chez l’homme (HCoV).

 Quatre des 7 HCoV (HCoV-NL63, -229E, -OC43 et -HKU1) provoquent de légères infections des voies respiratoires supérieures autolimitatives, telles que le rhume, mais peuvent provoquer des infections graves des voies respiratoires inférieures, telles que la pneumonie, chez les nourrissons, les personnes âgées et les personnes immunodéprimées. Ces infections au HCoV sont saisonnières : la plupart des cas surviennent pendant les mois d’hiver dans les climats tempérés.

Trois des 7 HCoV (SARS-CoV, MERS-CoV et SARS-CoV-2) ont provoqué des épidémies majeures de pneumonie mortelle au XXIe siècle. 

SARS-CoV

La première de ces épidémies, le syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS), est apparue en novembre 2002 dans la province du Guangdong, dans le sud de la Chine, et a provoqué une épidémie qui s’est étendue en quelques mois à 29 pays sur 6 continents. Elle a touché plus de 8 000 personnes et près de 800 personnes sont décédées dans le monde entier. La majorité des cas sont survenus en Chine et à Hong Kong. Aux États-Unis, seules 8 personnes ont présenté un SRAS confirmé par des analyses biologiques ; les 8 s’étaient rendues dans des régions où la transmission du SARS-CoV était en cours. Le taux de létalité globale était de 10 %, mais il variait selon l’âge, allant de moins de 1 % chez les personnes âgées de 24 ans et moins à plus de 50 % chez les personnes âgées de 65 ans et plus.

La source du SRAS était des civettes palmistes (mammifères féliformes) qui avaient été vendues pour être mangées sur des marchés locaux d’animaux vivants dans le Guangdong. Une fois introduit chez l’homme, le SARS-CoV s’est propagé facilement de personne à personne par grosses gouttelettes respiratoires, aérosols et transmission féco-orale (la diarrhée est un symptôme fréquent de l’infection).

MERS-CoV

Le deuxième HCoV à provoquer une infection mortelle était le coronavirus du syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS-CoV), apparu dans la péninsule arabique en septembre 2012. Le MERS-CoV a provoqué des épidémies récurrentes qui ont touché plus de 2 500 personnes, avec un taux de mortalité d’environ 35 %. La plupart des personnes infectées résidaient ou s’étaient récemment rendues dans la péninsule arabique ; 85 % des cas ont été rapportés en Arabie saoudite. La plus grande épidémie de MERS rapportée en dehors de la péninsule arabique est survenue en Corée du Sud en 2015 ; elle est associée à un voyageur qui revenait de la péninsule arabique.

Comme le SARS-CoV, le MERS-CoV est une zoonose, qui se transmet par contact direct ou indirect avec des dromadaires. Le MERS-CoV se transmet également d’homme à homme par contact direct, fomites et gouttelettes respiratoires ; 42 % de l’ensemble des cas rapportés en 2018-2019 étaient liés à des foyers de transmission homme à homme dans des lieux d’habitation ou des établissements de soins de santé. La source était inconnue dans 60 % des cas. Le virus MERS-CoV est détecté dans les sécrétions des voies respiratoires, les selles, le sérum et l’urine, et le virus a été détecté chez des survivants pendant un mois ou plus après l’apparition de la maladie.

SARS-CoV-2 (COVID-19)

Le septième HCoV à avoir été découvert est le SARS-CoV-2, qui a provoqué une épidémie appelée COVID-19, qui se propage actuellement dans le monde entier. L’épidémie a débuté à Wuhan, une ville de plus de 11 millions d’habitants située dans la province du Hubei, dans le centre de la Chine. (Wuhan abrite l’Institut de virologie de Wuhan, un centre de recherche sur les coronavirus de pointe, mais aucun lien n’est suspecté entre les recherches menées et l’épidémie actuelle.) On pense que l’infection est née chez les chauves-souris et a été transmise aux humains à l’occasion d’un marché de fruits de mer et d’animaux vivants, par le biais d’un hôte intermédiaire (probablement le pangolin, un mammifère au corps recouvert d’écailles qui se nourrit de fourmis) vendu comme aliment exotique sur le marché ; 55 % des premiers cas étaient liés à ce marché, qui a été fermé le 1er janvier 2020. Les cas ultérieurs ont probablement contracté l’infection à partir d’autres cas humains (1). Dans 95 % des cas, la période d’incubation rapportée était de≤ 14 jours, ce qui appuie une période de quarantaine de 14 jours.

Après 9 semaines de transmission soutenue, la province du Hubei rapporte désormais 64 084 cas confirmés et 2 346 décès. Le nombre réel de cas est susceptible d’être beaucoup plus élevé, puisqu’il est probable que seuls les cas les plus graves soient inclus dans les rapports en raison de la pénurie des kits de dépistage. La présence de nombreuses infections bénignes non diagnostiquées limite probablement l’impact des efforts visant à contrôler la propagation supplémentaire de l’infection. La rapidité de propagation est élevée comparativement à l’épidémie de SRAS de 2003, ce qui suggère que le SARS-CoV-2 se transmet beaucoup plus facilement que le SARS-CoV.

Les autorités chinoises ont réagi le 23 janvier 2020 en plaçant en quarantaine des millions de personnes résidant dans la province du Hubei. Ces restrictions ont été annoncées la veille du Nouvel An lunaire, une célébration pour laquelle de nombreuses personnes retournent dans leur région d’origine. De fait, on estime que cinq millions de personnes ont quitté Wuhan avant le début du confinement, et le nombre de cas a augmenté de manière correspondante dans les provinces chinoises avoisinantes. De plus, des cas ayant voyagé vers ou depuis Wuhan ont commencé à apparaître en dehors de la Chine, notamment à Hong Kong et à Singapour.

Transmission du SARS-CoV-2

On considère que le SARS-CoV-2 se transmet principalement par les moyens suivants :

  • Inhalation de grosses gouttelettes respiratoires contenant le virus vivant, pulvérisées dans un rayon de 1 mètre autour d’une personne infectée qui tousse ou éternue.

Les autres modes de transmission comprennent :

  • Contact avec des surfaces contaminées par le virus, puis contact avec les yeux, le nez ou la bouche ;
  • Inhalation éventuelle de petites émissions respiratoires aériennes contenant le virus ;
  • Transmission féco-orale éventuelle.

Les super-propagateurs ont joué un rôle très important dans la propagation de l’épidémie du SRAS en 2003 et jouent probablement un rôle important dans l’épidémie actuelle du COVID-19. Un super-propagateur est une personne qui transmet une infection à un nombre significativement plus élevé d’autres personnes que la personne infectée moyenne. Plusieurs facteurs contribuent à une super-propagation, notamment le comportement de l’hôte qui fait augmenter le nombre et la longueur des contacts avec des personnes sensibles, la foule, une mauvaise ventilation, des procédures d’isolement inadaptées, des déplacements inutiles des personnes infectieuses, les erreurs de diagnostic, la virulence et la charge virale, et une co-infection par un autre pathogène.

Un super-propagateur du COVID-19, un homme d’affaires britannique, a contracté le SARS-CoV-2 lors d’une conférence à Singapour, entre le 20 et le 22 janvier 2020, à laquelle participaient 109 personnes venues de nombreux pays différents, dont au moins une du Hubei, avant de se rendre en France, où il a transmis la maladie à 11 autres vacanciers séjournant dans le même chalet, dans une station de ski des Alpes françaises. Il est ensuite rentré au Royaume-Uni en passant par la Suisse, avant de découvrir qu’il avait contracté le SARS-CoV-2. Six autres personnes ayant participé à la conférence organisée au Grand Hyatt ont également présenté une infection au COVID-19 : un Malaisien, deux Sud-Coréens et trois Singapouriens.

Pourrait-il s’agir d’une pandémie ?

Une pandémie implique une transmission soutenue sur plusieurs générations de l’agent infectieux dans de nombreux pays à l’échelle mondiale. Jusqu’à présent, près de 98 % des cas sont survenus en Chine. En dehors de la Chine, le COVID-19 a principalement touché des voyageurs ayant contracté l’infection en Chine. Une transmission soutenue du SARS-CoV-2 en dehors de la Chine n’est survenue que dans quelques pays, mais ce schéma évolue manifestement très rapidement. En à peine 48 heures, du 21 février au 23 février, le nombre de cas rapporté en Corée du Sud a plus que doublé, passant de 204 à 602 ; la Corée du Sud est désormais le deuxième pays en termes de nombre de cas, derrière la Chine. Récemment, le nombre de cas a également augmenté de manière spectaculaire en quelques jours en Iran, passant de 0 à 43, et en Italie, passant de 3 à 132. Aucune donnée n’est disponible concernant la présence du COVID-19 dans les régions pauvres en ressources où il n’est pas possible de diagnostiquer cette maladie ; la situation des pays d’Afrique où la Chine a développé une présence importante au cours des dernières années est particulièrement préoccupante (2).

Il y a une semaine, les éléments indiquant une possible épidémie de COVID-19 aux États-Unis semblaient faibles. Cependant, cela évolue également rapidement. En 48 heures, du 21 février au 23 février, le nombre de cas de COVID-19 aux États-Unis est passé de 15 à 35, dont 13 cas associés à des voyages, 18 survenus chez des citoyens américains rapatriés du bateau de croisière Diamond Princess mis en quarantaine au Japon et 3 cas rapportés chez des citoyens américains ayant évacué Wuhan. Un résident californien, qui ne s’était pas rendu dans des pays où le virus SARS-CoV-2 circule et qui n’avait été exposé à aucune personne présentant une infection au coronavirus connue, pourrait être le premier cas aux États-Unis de « propagation autochtone », comme l’ont indiqué les Centres américains pour le contrôle et la prévention des maladies (US Centers for Disease Control and Prevention) le mercredi 26 février 2020. Le nombre de cas signalés aux États-Unis s’élève désormais à 60, ce qui inclut les 3 cas parmi les Américains rapatriés de Wuhan, 42 parmi les rapatriés du bateau de croisière Diamond Princess et 15 cas supplémentaires confirmés dans le pays (3).

Prévention

Pour l’instant, aucun vaccin ne permet d’empêcher le SARS-CoV-2 de continuer à se propager et aucun médicament antiviral spécifique ne permet de traiter l’infection. Cependant, des chercheurs du monde entier se mobilisent pour évaluer rapidement des médicaments tels que l’association lopinavir et ritonavir, deux inhibiteurs de la protéase, utilisée pour traiter le VIH/SIDA, la chloroquine, un antipaludéen, et le remdésivir, un analogue nucléotidique qui a été initialement évalué pour le traitement de la maladie à virus Ebola. De nombreuses organisations, notamment les Instituts nationaux américains de la santé (National Institutes of Health, NIH), le Centre chinois pour le contrôle et la prévention des maladies (Chinese Center for Disease Control and Prevention), l’Université de Hong Kong (University of Hong Kong), l’Université du Queensland (University of Queensland), l’Université de la Saskatchewan (University of Saskatchewan), et plusieurs laboratoires pharmaceutiques utilisent des génomes publiés pour développer de potentiels vaccins contre le SARS-CoV-2. On espère qu’un développement rapide d’un vaccin et de médicaments permettrait de limiter l’évolution du COVID-19 en pandémie.

Ainsi, la mesure préventive la plus importante est d’éviter toute exposition au SARS-CoV-2 par les moyens suivants :

  • Précautions respiratoires et de contact ;
  • Quarantaine.

Les précautions respiratoires consistent à utiliser des masques. Deux types de masques sont disponibles, les masques chirurgicaux et les masques N95. Les patients doivent porter un masque chirurgical, qui permet de contenir leurs sécrétions respiratoires, protégeant ainsi les autres personnes. Cependant, les masques chirurgicaux ne sont pas suffisamment étanches pour permettre aux personnes non infectées de ne pas inhaler d’émissions respiratoires infectées (bien qu’ils puissent limiter le transfert du virus des mains au nez et à la bouche). Ainsi, les personnes qui entrent en contact avec des patients infectés doivent porter des masques N95, qui sont bien ajustés et protègent le porteur des émissions respiratoires aériennes. Les stocks de masques N95 et d’autres équipements de protection, tels que les gants, les lunettes de protection et les blouses, peuvent être épuisés en cas d’épidémie prolongée, et leur utilisation doit concerner en priorité les personnes qui présentent le risque le plus élevé d’exposition à des personnes contagieuses, par exemple celles qui dispensent des soins à des personnes infectées.

 Les précautions de contact comprennent les mesures suivantes :

  • Éviter les contacts étroits avec les personnes atteintes du COVID-19 ;
  • Éviter de se toucher les yeux, le nez et la bouche sans s’être lavé les mains ;
  • Se laver les mains souvent, avec du savon et de l’eau, pendant au moins 20 secondes, ou utiliser une solution hydroalcoolique contenant au moins 60 % d’alcool si du savon et de l’eau ne sont pas disponibles ;

Les surfaces environnementales fréquemment touchées par plusieurs personnes (par ex., poignées de porte, accessoires de salle de bains, boutons d’ascenseur) doivent être nettoyées à l’aide de lingettes jetables avant chaque utilisation.

La quarantaine est essentielle. Pour les patients, la gravité de la maladie permet de déterminer s’ils doivent être isolés à l’hôpital ou à domicile. Les personnes entrées en contact étroit avec un patient infecté par le COVID-19 doivent être mises en quarantaine à domicile pendant toute la durée de la période d’incubation, soit 14 jours après la dernière exposition.

 

Références

1. Li Q, Guan X, Wu P, et al.: Early transmission dynamics in Wuhan, China, of novel coronavirus-infected pneumonia. N Engl J Med 29 janvier 2020. doi: 10.1056/NEJMoa2001316

2. Knowledge@Wharton: China’s investment in Africa: What’s the real story? Philadelphia, Wharton School, University of Pennsylvania, 16 janvier 2016.

3. Centers for Disease Control and Prevention: Coronavirus Disease 2019 (COVID-19): COVID-19 Situation Summary. Atlanta,GA, U.S. Department of Health and Human Services, Centers for Disease Control and Prevention. Mis à jour le 26 février 2020. Consulté le 27 février 2020.

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