L’extrémité du pénis chez les hommes ou l’ouverture de l’urètre chez les femmes est nettoyée généralement avec un petit tampon contenant une substance antiseptique. Les hommes non circoncis doivent se décalotter pour nettoyer la tête du pénis.

On laisse les premières gouttes d’urine nettoyer l’urètre et tomber dans les toilettes.

La miction se poursuit et un échantillon du flux urinaire est recueilli dans une coupelle stérile. L’échantillon est généralement prélevé avant la fin du jet (au milieu du jet).