Las pruebas de laboratorio pueden identificar a los microorganismos de manera directa (p. ej., visualmente, usando un microscopio, cultivando al microorganismo) o indirecta (mediante la identificación de los anticuerpos generados frente a éste). Los tipos generales de pruebas incluyen
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Pruebas inmunológicas (pruebas de aglutinación como la aglutinación en látex, enzimoinmunoensayos, inmunoelectrotransferencia, pruebas de precipitación y pruebas de fijación del complemento)
En general, el cultivo es el patrón de referencia para la identificación de los microorganismos, pero los resultados pueden demorar varios días o semanas, y no todos los patógenos pueden cultivarse, lo que hace útiles las pruebas alternativas. Cuando se cultiva e identifica un patógeno, las pruebas de laboratorio también permiten determinar su susceptibilidad frente a los fármacos antimicrobianos. A veces pueden usarse métodos moleculares para detectar genes de resistencia específicos.
Algunas pruebas (p. ej., la tinción de Gram, el cultivo de rutina de anaerobios) permiten detectar una gran variedad de patógenos y se realizan habitualmente para muchas enfermedades que se sospecha infecciosas. Sin embargo, como algunos patógenos no se detectan con estas pruebas, los médicos deben conocer las limitaciones de cada una de ellas para cada patógeno bajo sospecha. En estos casos, el médico debe solicitar pruebas específicas para el microorganismo sospechado (p. ej., tinciones especiales o medios de cultivo determinados) o recomendar al laboratorio que seleccione análisis más específicos.