Las amebas libres son protozoos que viven en forma independiente en el suelo o el agua y no requieren un huésped humano o animal. Rara vez causan enfermedades, a diferencia de la ameba parasitaria Entamoeba histolytica, que es una causa frecuente de infección intestinal (amebiasis). Las amebas libres patógenas pertenecen a los géneros Naegleria, Acanthamoeba, Balamuthia y Sappinia.
Pueden aparecer 3 síndromes principales:
Acanthamoeba y Balamuthia también pueden causar lesiones en la piel o enfermedad diseminada en personas inmunocomprometidas; Acanthamoeba también puede causar infección de los senos paranasales o los pulmones.