Cuando se exploran tejidos, masas o tumores en el interior de los pulmones, se suele utilizar un broncoscopio flexible convencional. Sin embargo, muchos broncoscopios no pueden encontrar o alcanzar tumores localizados en la periferia de los pulmones, donde los bronquios más pequeños no son lo suficientemente anchos como para permitir el paso de un endoscopio normal. Más de dos tercios de las masas pulmonares se encuentran en la periferia de los pulmones. La broncoscopia por navegación es una tecnología que combina la navegación electromagnética con imágenes de TC en 3D en tiempo real, lo que permite a los médicos realizar una biopsia y tratar masas situadas en estas regiones distantes de los pulmones.

Antes de llevar a cabo un procedimiento de broncoscopia por navegación, se realiza una tomografía computarizada para localizar posibles tumores en el pulmón. La tomografía computarizada se carga en una computadora y se utiliza para crear una "hoja de ruta" virtual y tridimensional del pulmón. El médico marca la ubicación de las lesiones diana en el mapa virtual y planifica cómo desplazarse a través del pulmón para llegar a las mismas. Para el procedimiento, el paciente se acuesta sobre una cama electromagnética de baja frecuencia. Se inserta un broncoscopio, que contiene un canal de trabajo extendido (EWC, por sus siglas en inglés) y una guía localizable, en la vía respiratoria del paciente, por la tráquea y hacia el interior de los bronquios. La cama electromagnética permite al médico visualizar en tiempo real la guía localizable en el mapa virtual para dirigir cuidadosamente el endoscopio hasta el pulmón. El médico puede controlar el movimiento y la dirección de la guía localizable a medida que viaja hacia el bronquiolo más pequeño. Una vez se alcanza la lesión diana, se retira la guía localizable y se pasa un instrumento quirúrgico a través del canal de trabajo extendido (EWC, por sus siglas en inglés) para recoger una muestra de biopsia para su análisis. La broncoscopia por navegación también se puede usar junto con la radioterapia de haz externo, como la TomoTherapy, para tratar tumores periféricos con una forma precisa de radiación que administra una dosis elevada al tumor mientras se reduce la exposición a la radiación del tejido sano circundante.