Komplizierte Hautinfektionen, Blutbahninfektionen und bestimmte Herzklappeninfektionen (Endokarditis), die durch nicht resistente Bakterien ausgelöst werden, so u. a. durch den methicillinresistenten Staphylococcus aureus (MRSA) sowie durch vancomycinresistente Enterokokken

Erhöhte Anzahl weißer Blutkörperchen in der Lunge (eosinophile Pneumonie)

Gastrointestinale Störungen

Muskelschmerzen und Schwäche

Wird bei Infektionen, welche die Lunge betreffen, nicht angewendet, da Daptomycin durch Surfactant (eine Substanz, die normalerweise in der Lunge gebildet wird) inaktiviert wird.