Ein gesunder Mensch lebt in Einklang mit der mikrobiellen Flora, die ihn vor dem Eindringen von Pathogenen schützt. Pathogene sind gewöhnlich Mikroorganismen, die fähig sind, Krankheiten zu verursachen. Die mikrobielle Flora besteht größtenteils aus Bakterien und Pilzen und umfasst die physiologische ortsansässige Flora, die durchweg gefunden wird und die sich, wenn sie gestört wird, schnell wieder normalisiert, und eine transiente Flora, die sich auf dem Wirt für Stunden bis Wochen aufhalten kann, sich aber nicht permanent etabliert. Keime der physiologischen Flora können gelegentlich Krankheiten auslösen, insbesondere bei abwehrgeschwächten Patienten.
Tropismen (Affinität zu bestimmten Geweben) bestimmen, an welche Organe sich Mikroorganismen ansiedeln. Die physiologische Flora wird durch Tropismus und durch viele Faktoren beeinflusst (z. B. Diät, Hygiene, Gesundheitszustand, Luftverschmutzung). So werden z. B. Lactobazillen im Intestinaltrakt von Menschen gefunden, die sich überwiegend mit Milchprodukten ernähren; bei Patienten mit chronischer obstruktiver Lungenerkrankung besiedelt Haemophilus influenzae den Tracheobronchialbaum. Als Ergebnis enthalten verschiedene Körper-Lebensräume ("body habitats") mikrobielle Gemeinschaften, die Microbiome bilden, die sich durch mikrobielle Zusammensetzung und Funktion unterscheiden.