入院すると院内で感染症にかかるリスクがあります。これを院内感染といいます。米国では入院患者の約4～5％が院内感染症にかかり、毎年このうち約75,000人が死亡しています。（入院による問題も参照のこと。）
感染のリスクは、以下の人で高くなります。
乳児
高齢者
免疫機能が低下している人
静脈内カテーテル、導尿カテーテル、および気管チューブ（人工呼吸器による呼吸補助用）などの侵襲的な医療器具を使用している人
院内感染は、細菌や真菌が原因で起きます。細菌感染症や真菌感染症は、危険で命にかかわることがあります。
病院で感染する微生物には、様々な抗菌薬に対して耐性をもつものが多くみられます。これは院内で抗菌薬を頻繁に使用することで、耐性菌の発生が促されるからです。
院内感染で起こる感染症の例には、肺炎、尿路感染症、手術創への感染、血液の感染症などがあります。
肺感染症
安静にしている人は肺の機能をあまり使わないため、呼吸を調節するための筋肉が弱くなり、息を大きく吸えなくなることがあります。こうなると、のどにたんがからんでも、せきをして取り除くことができず、細菌を十分外に出せずに肺炎を起こすおそれがあります。
肺の感染症のリスクが高まるのは以下のような状況です。
人工呼吸器を使用している場合（特にリスクが高まる）
以前、抗菌薬を使っていた場合
心臓、肺、肝臓、腎臓などに別の病気がある場合
70歳以上の高齢者
介護施設の入居者
腹部や胸部の手術歴がある場合
プロトンポンプ阻害薬など、胃酸を減らす特定の薬を服用している場合
深呼吸や、せきをする訓練は肺に空気が出入りしやすい状態を保ち、呼吸のための筋肉が弱まるのを防ぐ効果があるため、肺の感染症を予防するのに役立ちます。
尿路感染症
入院患者には、膀胱に排尿チューブ（導尿カテーテル）を入れることがあります。重症の患者などで、尿がどのくらい出ているか、医師が注意深くモニタリングする必要がある場合にカテーテルを入れます。医師は以前には、失禁する患者に導尿カテーテルを使用していました。しかし、カテーテルを経由して細菌が簡単に膀胱に侵入できるため、尿路感染症のリスクが著しく高くなります。
したがって、尿路感染症を予防するため、医師はできるだけ導尿カテーテルを使用しないようにしています。それでも導尿カテーテルを入れる場合は、慎重に洗浄し、定期的に検査を実施しなくてはいけません。失禁する患者には導尿カテーテルを入れるよりも、おむつを使い、必要に応じて頻繁に交換する方がよいでしょう。
院内感染の予防
院内感染に対して病院スタッフは通常以下のような予防策を行います。
頻繁に手洗いする。
擦式消毒用アルコール製剤を頻繁に使う。
手袋やガウンなどの保護用品を身に付けて処置を行う。
耐性菌（抗菌薬が効きにくい細菌）の発生を防ぐために、多くの病院は抗菌薬の使用を制限するプログラムを作成し、感染が証明されている人だけが抗菌薬を使用できるようにしています。また、耐性菌の発生を防ぐために、最新で最も強力な抗菌薬の使用を制限する病院も多数あります。
