ウイルス感染症では上気道または下気道がよく侵される。呼吸器感染症は原因ウイルスで分類することができるが（例，インフルエンザ），一般的には症候群に基づいて臨床的に分類される（例，感冒，細気管支炎，クループ，肺炎）。通常は個々の病原体がそれぞれ特徴的な臨床像を引き起こし（例，ライノウイルスは典型的には感冒を， RSウイルス［RSV］は典型的には細気管支炎を引き起こす），同時にそれぞれの病原体がウイルス性呼吸器症候群の一般的な症状の多くを引き起こすこともある。