多くの種のキノコが，摂取されると中毒を引き起こす。症状は種によって異なる。具体的な種の同定は困難なため，治療は通常，症状に応じて行う。
（中毒の一般原則も参照のこと。）
野生で有毒な種と無毒の種を区別することは，非常に知識が豊富な人でさえ難しい。民間伝承の法則は信用できず，同じ種でもどこでいつ採取したかによって毒性の程度が異なることがある。同定していないキノコを患者が摂取した場合は，種の同定が特異的な治療法の決定に役立つことがある。しかしながら，経験豊富な菌学者へのコンサルテーションを直ちに行えることはまれであるため，キノコ摂取後に具合が悪くなった患者の治療は，通常は症状を手がかりとする。未摂取または吐物中のキノコのサンプルが入手可能な場合は，それを菌学者に送付して分析を依頼できる。
全ての毒キノコが嘔吐および腹痛を引き起こす；その他の臨床像はキノコの種類により多岐にわたる。一般に，早期（2時間以内）に症状を引き起こすキノコの方が，後で（通常6時間後）症状を引き起こすキノコよりも危険性が低い。
ほとんどのキノコ中毒の治療は対症療法と支持療法である。吸収を制限するために活性炭が有用なことがある。多数の解毒療法が試されているが（特にテングタケ属に対して），一貫して良好な結果を示しているものはない。
早期の消化管症状
早期の消化管症状を引き起こすキノコ（例，オオシロカラカサタケや，しばしば芝生に育つ小さな褐色のキノコ）は胃腸炎を引き起こし，ときに頭痛または筋肉痛を伴う。下痢はときに血性である。
症状は通常，24時間以内に消失する。
治療は支持療法による。
早期の神経症状
早期の神経症状を引き起こすキノコには幻覚作用のあるキノコがあり，これらは幻覚発現物質であるシロシビンを含むため通常娯楽的に摂取される。カヤタケ（Psilocybe）属が最も一般的であるが，他にもシロシビンを含む属がある。
症状は15～30分以内に現れ始め，多幸感，想像力の活性化，幻覚などがある。頻脈および高血圧がよくみられ，小児では異常高熱が起こる場合もあるが，重篤な結果はまれである。
治療としてはときに鎮静（例，ベンゾジアゼピン系薬剤による）がある。
早期のムスカリン様症状
早期のムスカリン様症状を引き起こすキノコには，アセタケ属やカヤタケ属のキノコなどがある。
症状としては，SLUDGE症候群（一般的な中毒症候群の表を参照），縮瞳，気管支漏，徐脈，発汗，喘鳴，線維束性収縮などがある。症状は通常軽度で，30分以内に始まり，12時間以内に消失する。
重度のムスカリン様症状（例，喘鳴，徐脈）の治療にはアトロピンを投与できる。
遅発性の消化管症状
遅発性の消化管症状を引き起こすキノコには，テングタケ属，シャグマアミガサタケ属，フウセンタケ属のキノコなどがある。
最も毒性の高いテングタケ属のキノコはタマゴテングタケで，キノコ中毒死の95％の原因である。摂取6～12時間後に起こる可能性がある初期の胃腸炎は重度の場合がある；低血糖が起こることがある。初期症状は数日で軽減する；その後，肝不全，およびときに腎不全が発生する。初期治療では，低血糖を綿密にモニタリングし，場合により活性炭を反復投与する。肝不全治療には肝移植が必要になる場合がある；その他の特異的治療法（例，N-アセチルシステイン，高用量のペニシリン，シリビニン［silibinin］，静注脂肪乳剤）は実証されていない。
Amanita smithiana属のキノコは，通常摂取から6～12時間後に現れる遅発性の胃腸炎と急性腎不全（通常摂取から1～2週間後）を引き起こし，しばしば透析が必要となる。
シャグマアミガサタケ属のキノコは，胃腸炎と同時かまたは少し遅れて低血糖を引き起こす可能性がある。その他の臨床像には，中枢神経系毒性（例，痙攣発作），および数日後に肝腎症候群がある。初期治療では，低血糖を綿密にモニタリングし，場合により活性炭を反復投与する。神経症状はピリドキシン70mg/kgを4～6時間かけてゆっくり点滴静注（1日量は最高5g）して治療し，肝不全は支持療法で治療する。
ほとんどのフウセンタケ属のキノコは欧州在来である。胃腸炎は3日間続くことがある。症状として側腹部痛と尿量減少を伴う腎不全が摂取の3～20日後に発生することがある。腎不全は自然に消失する。
