Un individuo sano vive in armonia con la propria flora microbica che lo protegge dall'invasione degli agenti patogeni, ovvero tutti quei microrganismi in grado di causare malattie. La flora microbica è principalmente costituita da flora residente e da flora transitoria. La prima è costituita da batteri e miceti costantemente presenti e si ricostituisce prontamente quando attaccata, la seconda invece può colonizzare temporaneamente l'ospite per alcune ore o settimane ma non si stabilisce in maniera permanente. Anche i microrganismi che fanno parte della flora residente a volte possono causare malattie, specie quando le normali difese dell'organismo sono danneggiate.
Il tropismo, o l'attrazione verso alcuni tessuti, determina quali aree del corpo possano venir colonizzate dai microrganismi. La flora normale è influenzata dal tropismo e da molti altri fattori (p. es., dieta, igiene, condizioni sanitarie, inquinamento atmosferico). Per esempio, la presenza di lattobacilli è comune nell'intestino dei soggetti che consumano grandi quantità di latticini; così come Haemophilus influenzae colonizza l'albero tracheobronchiale nei pazienti con broncopneumopatia cronica ostruttiva. Di conseguenza, diversi habitat del corpo contengono comunità microbiche, formando microbiomi che differiscono per composizione e funzione microbica.