Il sistema immunitario si differenzia tra il sé (o self) e il non sé (o non self), eliminando dal corpo le molecole non-self che risultano essere potenzialmente dannose. Il sistema immunitario possiede inoltre la capacità di riconoscere e distruggere le cellule anormali che derivano dai tessuti dell'ospite. Qualsiasi molecola che viene riconosciuta dal sistema immunitario è definita antigene (Ag).
Le allergie (comprese le atopie) e gli altri disturbi da ipersensibilità sono reazioni immunitarie inappropriate o esagerate verso antigeni estranei. Reazioni immunitarie inappropriate comprendono quelle che sono indirizzate erroneamente contro i componenti del corpo intrinseco (del sé), portando a malattie autoimmuni. Questo argomento si concentra sulle reazioni di ipersensibilità di tipo I.
I disturbi da immunodeficienza vengono associati o predispongono i pazienti a varie complicanze, tra cui infezioni, malattie autoimmuni, linfomi e altri tumori. Le immunodeficienze primarie sono determinate geneticamente e possono essere ereditarie; le immunodeficienze secondarie sono acquisite e risultano essere molto più frequenti.