El sistema inmunitario distingue lo propio de lo ajeno y elimina del cuerpo las moléculas y las células ajenas potencialmente noccivas. El sistema inmunitario también puede reconocer y destruir células anormales derivadas de los tejidos del huésped. Cualquier molécula capaz de ser reconocida por el sistema inmunitario se considera un antígeno (Ag).
Las enfermedades alérgicas (incluso las atópicas) y otros trastornos por hipersensibilidad se deben a reacciones inmunitarias exageradas o inapropiadas a antígenos extraños. Las reacciones inmunitarias inapropiadas incluyen aquellas que están mal dirigidas contra los componentes intrínsecos del cuerpo (auto), lo que ocasiona trastornos autoinmunitarios. Este tema se centra en las reacciones de hipersensibilidad de tipo I.
Los trastornos por inmunodeficiencia están asociados o predisponen a los pacientes a diversas complicaciones, incluyendo infecciones, trastornos autoinmunitarios, y linfomas y otros tipos de cáncer. Las inmunodeficiencias primarias son genéticamente determinadas y pueden ser hereditarias; las inmunodeficiencias secundarias son adquiridas y mucho más frecuentes.